Pro zlepšení spolupráce a koordinace činností jednotlivých pracovišť bylo zřízeno několik odborných skupin. Ty se zabývají aktuálními problémy, které nelze uspokojivě řešit na jednotlivých pracovištích. Slouží také jako poradní orgán ředitele AOPK ČR.

OS pro rekreaci a sport
Více
OS pro vodní ekosystémy
Více
OS komise pro rybí přechody
Více
OS na ochranu entomofauny
Více
OS pro program Dům přírody
Více
OS pro řešení problematiky dopravní a energetické infrastruktury
Více
OS Architektonická komise AOPK ČR
Více
OS pro územní systém ekologické stability
Více
OS pro Úmluvu CITES
Více
OS pro informatiku
Více
OS pro práci s veřejností
Více
OS pro společnou zemědělskou politiku
Více
Odborná skupina pro invazní a nepůvodní druhy
Více