Chráněné krajinné oblasti jsou územně členěny do zón odstupňované ochrany přírody. Většinou se vymezují čtyři takovéto zóny. Rozdělení vyplývá z potřeby zajistit ochranu přírody a krajiny různým způsobem, protože možnost negativního ovlivnění všech částí území je rozdílná. V jednotlivých zónách tak platí v různé míře základní a bližší ochranné podmínky chráněné krajinné oblasti. Nepřísnější ochrana je přiřazena první zóně, čtvrtá zóna je chráněna nejméně.

I. zóna

Zde nalezneme přírodě blízké nebo člověkem málo pozměněné ekosystémy udržované v žádoucím stavu vhodným managementem nebo ponechané přirozenému vývoji. Jedná se především o lesy s přirozenou nebo přírodě blízkou druhovou skladbou a prostorovou i věkovou strukturou, mokřady, společenstva skal, či přirozená travní společenstva. Patří sem též značně pozměněné ekosystémy se soustředěným výskytem vzácných a existenčně ohrožených druhů a bioty vázané na určitý typ obhospodařování. Dále jsou do této zóny zařazena souvislá území s mimořádnou krajinářskou hodnotou a souvislá území s výskytem geologických a geomorfologických jevů. Zóna zahrnuje chráněná území podle zák. 114/92 Sb., o ochraně přírody a krajiny, včetně jejich ochranných pásem, další území potřebná pro jejich ochranu, koridory spojující ochranná pásma a chráněná území, plochy s významnými ekosystémy. Jedná se o území s nevýraznými civilizačními zásahy, s výskytem mimořádných přírodních hodnot v měřítku celostátním i mezinárodním, většinou bez trvalých sídel a s minimálním zastoupením orné půdy.

II. zóna

Do druhé zóny patří člověkem pozměněné ekosystémy, zejména lesní porosty s pozměněnou druhovou skladbou i prostorovou a věkovou strukturou, ale s uchovanou mozaikou přírodě blízkých lesních společenstev. Nalezneme zde travní společenstva (louky a pastviny) s bohatou druhovou skladbou s výskytem ohrožených druhů rostlin, udržovaných vhodným managementem. Dále sem patří rozsáhlý soubor ekosystémů vázaných na určitý typ obhospodařování s významným výskytem ohrožených druhů organizmů. Organickou součástí jsou souvislá území s vysokou krajinářskou hodnotou a vyšším stupněm ekologické stability. Zahrnuje území s relativně vyrovnaným poměrem mezi přírodními objekty a lidskými díly, s relativně řídkým osídlením. Zastoupena jsou sídla převážně rekreačního charakteru, často s památkářskou hodnotou. Orná půda je zde zastoupena minimálně.

III. zóna

Do třetí zóny patří člověkem silně pozměněné ekosystémy, běžně hospodářsky využívané, zejména lesy se zcela pozměněnou druhovou skladbou, věkově a prostorově málo strukturované, druhově chudší intenzivně obhospodařované louky a pastviny, orná půda a ostatní zemědělské pozemky rozčleněné do menších částí s bohatým zastoupením dřevin mimo les, s rozptýlenou venkovskou zástavbou. Hodnoty krajiny jsou určovány kombinací přírodních a kulturních prvků.

IV. zóna

Ve čtvrté zóně najdeme člověkem zcela pozměněné ekosystémy a části krajiny. Jedná se zejména o souvisle zastavěná území, intenzivně obhospodařované velké celky zemědělských pozemků (s převahou orné půdy), větší dobývací prostory, průmyslové areály a pozemky určené jako územní rezerva pro zástavbu. Tato zóna zahrnuje též ostatní území přechodu z volné (nechráněné) krajiny do chráněné krajinné oblasti.