Organizační útvary AOPK ČR:

a) sekce, v jejichž čele stojí ředitelé sekcí,
​​​​​​​b) odbory, v jejichž čele stojí ředitelé odboru. Odbory přímo podřízené řediteli jsou samostatnými odbory, v jejich čele stojí ředitelé samostatných odborů. Odbory přímo podřízené řediteli nazvané v organizační struktuře Agentury regionální pracoviště jsou regionálními pracovišti, v jejich čele stojí ředitel regionálního pracoviště (v případě, že regionální pracoviště nese název správy CHKO, nazývá se tato pozice ředitel správy CHKO),
c) oddělení, v jejichž čele stojí vedoucí oddělení (v případě, že oddělení nese název správa CHKO, nazývá se tato pozice vedoucí správy CHKO); oddělení přímo podřízená řediteli či řediteli sekce se nazývají samostatná oddělení, v jejich čele stojí vedoucí samostatného oddělení.

Ředitel
  • Interní audit
  • Samostatný odbor kanceláře ředitele
    • Oddělení právní podpory a veřejných zakázek
    • Oddělení organizační
  • Samostatný odbor vnějších vztahů
    • Oddělení práce s veřejností
    • Oddělení mezinárodní spolupráce
  • Samostatný odbor OPŽP
    • Oddělení procesní a monitoringu
    • Oddělení hodnocení projektů OPŽP
    • Oddělení projektů OPŽP
  • Sekce ochrany přírody a krajiny
    • Samostatné právní oddělení pro veřejnou správu
    • Odbor zvláštní ochrany přírody
      • Oddělení druhové ochrany živočichů
      • Oddělení maloplošných zvláště chráněných území
      • Oddělení chráněných krajinných oblastí
      • Oddělení druhové ochrany rostlin
    • Odbor obecné ochrany přírody a krajiny
      • Oddělení ochrany krajiny
      • Oddělení obecné ochrany přírody
    • Odbor péče o přírodu a krajinu
      • Oddělení péče o terestrické ekosystémy
      • Oddělení péče o vodní ekosystémy
      • Oddělení projektů s mezinárodní účastí
    • Odbor monitoringu biodiverzity
      • Oddělení sledování stavu druhů živočichů
      • Oddělení sledování biotopů a druhů rostlin
  • Sekce vnitřních služeb
    • Odbor finančně personální
      • Oddělení souhrnného rozpočtu
      • Oddělení ekonomiky projektů a programového financování
      • Oddělení finanční účtárny
      • Oddělení mzdové účtárny
      • Oddělení ekonomické podpory projektů
      • Oddělení personální
    • Odbor majetkový
      • Oddělení správy majetku
      • Oddělení správy pozemků
      • Oddělení investiční
    • Odbor správy a podpory ICT
      • Oddělení správy a podpory ICT
      • Oddělení technické podpory uživatelů
    • Odbor Informačního systému ochrany přírody
      • Oddělení vývoje a správy aplikací
      • Oddělení technické správy dat a datové podpory
      • Oddělení ÚSOP
  • 14 regionálních pracovišť
    • RP SCHKO Slavkovský les
    • RP SCHKO Český les
    • RP SCHKO České středohoří
    • RP Jižní Čechy
    • RP Střední Čechy
    • RP SCHKO Kokořínsko–Máchův kraj
    • RP Liberecko
    • RP Východní Čechy
    • RP SCHKO Žďárské vrchy
    • RP Jižní Morava
    • RP Olomoucko
    • RP SCHKO Poodří
    • RP SCHKO Beskydy
    • RP SCHKO Bílé Karpaty