(symbol * označuje prioritní typy přírodních stanovišť)

(symbol * označuje prioritní druhy)

Jihočeský kraj

Albrechtovice, Arnoštka, Borová Lada, Březová Lada, Bučina u Kvildy, Buk pod Boubínem, Chlístov u Lažišť, Chlum u Volar, Chroboly, Cudrovice, Černá Lada, Černá v Pošumaví, České Žleby, Dobročkov, Dolní Cazov, Dolní Světlé Hory, Frydava, Frymburk, Hlásná Lhota, Hliniště, Hodonín u Zdíkovce, Horní Cazov, Horní Planá, Horní Sněžná, Horní Světlé Hory, Horní Vltavice, Horní Záblatí, Houžná, Hrabice, Huťský Dvůr, Jaroškov, Jasánky, Kapličky, Klášterec u Vimperka, Knížecí Pláně, Korkusova Huť, Koryto, Kratušín, Krejčovice, Křesanov, Křišťanov, Křišťanovice u Záblatí, Křížovice u Ktiše, Ktiš, Kubova Huť, Kvilda, Kyselov, Lenora, Libínské Sedlo, Lipka u Vimperka, Masákova Lhota, Michlova Huť, Milešice, Milov, Mlynářovice u Volar, Mýto u Hořic na Šumavě, Nicov, Nová Pec, Nové Hutě, Nový Svět u Borových Lad, Ovesné, Pasečná, Paseka u Borových Lad, Pěkná, Pernek, Pestřice, Polka, Pravětín, Přední Výtoň, Račí, Radvanovice, Řasnice, Řepešín, Řetenice u Stach, Saladín, Silnice, Skláře u Vimperka, Skříněřov, Slatina u Horní Vltavice, Smědeč, Solná Lhota, Spálenec, Stachy, Stodůlky u Strážného, Stožec, Strážný, Studenec u Stach, Svinná Lada, Sviňovice, Šindlov, Šumavské Hoštice, Švihov u Lažišť, Trhonín, Úbislav, Včelná pod Boubínem, Veselka u Vimperka, Vimperk, Vlčí Jámy, Volary, Vyšovatka, Záblatí u Prachatic, Zadní Výtoň, Záhoří u Chrobol, Zahrádky u Borových Lad, Zbytiny, Zdíkov, Zdíkovec, Zvěřenice, Zvonková, Želnava, Žlíbky

Plzeňský kraj

Alžbětín, Běšiny, Bezděkov u Hartmanic, Bohdašice, Božtěšice na Šumavě, Bradné, Březí u Čachrova, Brtí, Chamutice, Chlum u Hartmanic, Chotěšov u Velhartic, Chřepice, Chvalšovice u Čachrova, Čachrov, Častonice, Čeletice, Červená u Kašperských Hor, Červené Dvorce, Datelov, Debrník u Železné Rudy, Děpoltice, Dešenice, Divišov u Sušice, Divišovice u Děpoltic, Dlouhá Ves u Sušice, Dobřemilice, Dolejší Krušec, Dolejší Těšov, Dolní Kochánov, Dolní Staňkov, Filipova Huť, Fleky, Hamry na Šumavě, Hartmanice I, Hartmanice II, Hojsova Stráž, Hořákov, Hořejší Krušec, Hořejší Těšov, Horky u Srní, Horní Němčice u Čachrova, Horská Kvilda, Hůrka u Železné Rudy, Javoří Pila, Javoří u Hartmanic, Javorná na Šumavě, Javorná u Polomu, Jesení, Jiřičná, Kašperské Hory, Klášterský Mlýn I, Klášterský Mlýn II, Kochánov II, Kochánov III, Kojšice, Kozí Hřbet, Krotějov, Kundratice I, Kundratice II, Kunkovice u Čachrova, Lídlovy Dvory, Loučová, Matějovice u Dešenic, Městiště u Děpoltic, Milence, Milínov, Mladotice u Čachrova, Mochov u Hartmanic, Mokřany, Nemilkov, Nové Městečko, Nuzerov, Nýrsko, Oldřichovice u Děpoltic, Onen Svět, Opolenec, Pancíř, Paště, Petrovice u Sušice, Pích, Prášily, Radešov u Rejštejna, Radvanice u Chotěšova, Rajské, Rejštejn, Roklanský Les, Rovná u Sušice, Skelná Huť, Srní I, Srní II, Stará Lhota, Stojanovice, Suchá u Hlavňovic, Suchý Kámen, Sušice nad Otavou, Svatá Kateřina u Chudenína, Světlá u Hartmanic, Svinná na Šumavě, Svojše, Špičák, Štěpanice, Trsice, Uhliště, Úloh, Vatětice, Vchynice-Tetov I, Vchynice-Tetov II, Velhartice, Velký Radkov I, Velký Radkov II, Viteň, Vlastějov, Zadní Chalupy, Zahrádka u Čachrova, Zálužice I, Zálužice II, Zámyšl, Zelená Lhota, Zhůří, Zhůří u Rejštejna, Zvíkov, Železná Ruda